A pesar de las promesas, el gobierno federal reconoció que por la construcción del Tren Maya se talaron más 7 millones de árboles, activistas ambientales, como la organización "Sélvame del tren", afirma que fueron más de 10 millones, lo que equivale a 6 mil 659 hectáreas deforestadas entre 2019 y 2023; 87% de manera ilegal.
Según el gobierno, serían sembrados 500 millones de árboles de caoba y cedro en la zona de recorrido del Tren Maya por cinco estados, ni Semarnat ni Fonatur han dado a conocer cuántos fueron sembrados, y su tasa de sobrevivencia.
Gabriel Quadri, diputado y ambientalista dijo que
La reserva de la biosfera de Calakmul alberga 80% de las especies vegetales de toda la península de Yucatán, además de 350 especies de aves y 100 de mamíferos, muchas endémicas; significa que sólo existen en esa zona del mundo.
De 170 especies de animales amenazadas por la construcción del Tren Maya, algunas se encuentran en peligro de extinción como el jaguar, el oso hormiguero, el tigrillo, el puercoespín mexicano, el ocelote y el mono aullador.
Carolina, defensora ambiental dijo: ¡pasaron por nuestros derechos como pueblos mayas, como pueblos indígenas a pisotear nuestro territorio!
La deforestación en México es la receta perfecta para el desastre.