La Sierra Mixe afronta una marginación estructural que la mantiene aislada y sin oportunidades, en las viviendas, el 22 % conserva el piso de tierra, el 44 % carece de drenaje y casi un 45 % no cuenta con servicios de salud, cifras que reflejan la falta de acceso a derechos básicos y condenan a la región a rezagar su desarrollo de acuerdo a estadísticas de pobreza en Oaxaca desde el 2022 por el Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social (CONEVAL). Mientras que la desnutrición infantil afecta a casi el 47 % de los niños menores de 5 años en la Sierra Mixe, una tasa muy superior al promedio estatal.
La inversión en infraestructura básica destinada por el Gobierno de México y el Estado de Oaxaca a los municipios mixe destacan 9 mdp para obras de vivienda y alimentación en San Juan Juquila Mixes, así como paquetes de fertilizantes gratuitos para más de 200 mil productores indígenas. Sin embargo, buena parte de esos recursos se ha concentrado en cabeceras municipales, dejando sin caminos dignos ni escuelas equipadas a agencias dispersas.
Las vías de comunicación en la Sierra Mixe muestran un abandono que agrava el aislamiento de sus 19 municipios: los caminos de terracería que conectan a más de 33 comunidades llevan años sin mantenimiento, y cada temporada de lluvias se vuelven intransitables, dejando a poblaciones completas incomunicadas hasta por semanas. Aunque la Secretaría de Infraestructura, Comunicaciones y Transportes anunció en mayo de 2025 una inversión federal de 3 800 millones de pesos para Oaxaca, sólo 81 km de caminos artesanales y 308 km de carreteras estatales se incluyen en el proyecto general, sin detalle alguno de su aplicación en la Sierra Mixe, lo que sugiere que la región obtiene apenas un porcentaje mínimo de esos recursos pese a su urgencia de pistas seguras.
Por su parte, el Gobierno de Oaxaca destinó 131.9 millones de pesos para pavimentar 92.2 km en agencias municipales, pero ninguna de estas obras contempla a las poblaciones mixes, que siguen dependiendo de veredas erosionadas y puentes improvisados sin que ningún gobierno actué.