La contaminación del agua en ríos y arroyos se debe, primordialmente, a la descarga en los cuerpos receptores de una gran parte del caudal de aguas residuales sin tratamiento, así lo ha señalado el gobierno de Colima en algunos informes, específicamente en el documento "Colima sustentable, transversal III"
Ahora bien, el drenaje es un sistema para el desalojo de las aguas residuales y pluviales, el líquido debe de pasar por una planta de tratamiento para su descarga respetando la norma 001 de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales. (SEMARNAT)
En cuanto al proceso, deben ser canalizadas en las redes de alcantarillado y llegan a las instalaciones de tratamiento de aguas, es donde se inicia la depuración de aguas, con tratamientos físicos, químicos y biológicos para evitar riesgos nocivos a la naturaleza cuando se viertan de nuevo a un cauce o al mar.
Desde hace 4,500 millones de años, la misma cantidad de agua ha circulado una y otra vez por la Tierra, es decir, la cantidad total de agua del planeta no varía, se trata del ciclo hidrológico, se ha contenido en diversas formas y estructuras, como lo son ríos, lagos, lagunas, arroyos, así como manantiales, pozos, acuíferos y cenotes, lo anterior está explicado en el estudio "Metales pesados y el agua de consumo en Colima Una cuestión de salud pública" publicado por la Universidad de Colima.
Se considera que el agua está contaminada cuando la presencia de sustancias extrañas en su seno hace que deje de estar adaptada a la finalidad para la que será destinada, según su naturaleza se distinguen tres tipos de contaminantes: los biológicos, los químicos y los físicos.