Las principales fallas del gobierno de José Ignacio Peralta Sánchez han sido en materia de Seguridad, Salud y Economía. Desde el inicio de su administración ha habido una gran cantidad de manifestaciones por parte de la población respecto a la falta de medicamentos, insumos y materiales de curación, la cancelación del servicio de hemodiálisis y quimioterapias también han dado como resultado el retroceso en el tratamiento de pacientes. Esta situación se agravó a partir del 1 de enero de 2020 con la llegada del Instituto de salud para el Bienestar en Colima, mismo que comenzó a funcionar sin el recurso federal ni reglas de operación, a pesar que de que ofrecía una ampliación en los servicios. A principios de año, Peralta Sánchez reconoció que se tienen pasivos de hace muchos años que todavía no se han logrado pagar, además de las deudas con farmacias y otros establecimientos locales en materia de salud.
La mayor crisis de violencia que ha enfrentado el estado ha sido durante la actual administración, pues de acuerdo a las estadísticas, de 2016 a la fecha, Colima permanece en los primeros lugares a nivel nacional en la tasa de homicidios dolosos por cada 100 mil habitantes. De acuerdo con el Secretariado Ejecutivo del Sistema Nacional de Seguridad Pública de enero a mayo de 2020 se registraron 312 homicidios dolosos. Colima además tiene el 1° lugar nacional en la tasa de homicidios dolosos por cada 100 mil mujeres. De enero a mayo se han registrado 38 homicidios dolosos de mujeres, mientras que de junio a julio suman al menos 12, es decir, en lo que va del 2020 suman al menos 50 asesinatos de mujeres. De estos, 8 han sido catalogados como feminicidios, en este rubro, la entidad también se coloca en 1° lugar nacional en la tasa por cada 100 mil mujeres. Cabe señalar, que además, el estado ocupa el 2 lugar nacional en el hallazgo de fosas clandestinas, el primer lugar lo tiene Sinaloa. Sobre este tema, de 2017 a 2019 se encontraron 102 fosas con 139 cuerpos, mientras que, en lo que va de 2020, suman 8 fosas y 22 cuerpos localizados.
El la cuestión financiera, el gobierno estatal también atraviesa por una situación complicada. En 2018, Ignacio Peralta, Solicitó un Crédito bancario por 410 millones de pesos que serían utilizados en la construcción del C5i, alrededor de 200 millones para pagar la ex zona militar y otra parte para construir unidades de cuidados intensivos neonatales en Colima y Manzanillo. En diciembre de 2019 el gobernador anunció el despido de 600 burócratas para ahorrar 135 millones de pesos en nómina y tratar así de sortear los problemas financieros que enfrentaría en 2020 debido al recorte presupuestal federal de alrededor de 300 millones de pesos, además de la baja percepción de ingresos propios. A ello se suma el retraso en la entrega de apoyos de los adultos mayores equivalente a 4 meses. El ejecutivo además ha responsabilizado en múltiples ocasiones al gobierno de Mario Anguiano Moreno (2009-2015) de haber sumido a la entidad en la peor crisis financiera. Cabe señalar que, recientemente fue aprobado por el congreso local la iniciativa del ejecutivo para solicitar un crédito bancario por 740 millones de pesos para la conclusión del C5i, la remodelación de Palacio de Gobierno y enfrentar la pandemia por Covid-19.