El Programa Estratégico del Registro Agrario Nacional 2021-2024, indica que en México se tienen identificados más de 500 conflictos agrarios, 80% de ellos catalogados de gran relevancia, más de la mitad de estos conflictos se ubican en el territorio Oaxaqueño.
La existencia de una variedad de sistemas de propiedad ha contribuido a la proliferación de conflictos agrarios y territoriales. En 2023 Oaxaca concentro 283 conflictos agrarios, lo que equivale a 56.6% del total de conflictos existentes en el país.
Los enfrentamientos más graves se han registrado en la región mixteca entre Santa Cruz Mitlatongo y Santiago Mitlatongo, o en San Vicente Coatlán, la Costa, Cuenca del Papaloapan y la Sierra Norte y zona oriente del Istmo
Sin embargo, en 2024 Oaxaca avanzó en la resolución de conflictos agrarios y territoriales mediante a la Junta de Conciliación Agraria de la Secretaría de Gobierno (Sego), que ha resuelto 22 disputas de 232 donde 51 conflictos fueron de mediano y 201 de bajo riesgo, Organizaciones como la Defensoría de los Derechos Humanos del Pueblo de Oaxaca ha emitido Medidas Cautelares, solicitando acciones urgentes para evitar nuevos ataques de violencia de imposible reparación con registros de muertes de personas en ataques armados donde por ejemplo de manera reciente algunos integrantes de la Unión de Comunidades Indígenas de la Zona Norte del Istmo (UCIZONI) , murieron después de una emboscada