Aunque el grupo aeroportuario del pacífico y la dirección del aeropuerto internacional de Los Cabos en adelantado que se proyecta para el 2027 tener una terminal única que funcione con efectividad para atender toda la demanda del destino, de momento contemplan obras para hacer que cada terminal funcione bajo condiciones óptimas
Las lluvias de la temporada ciclónica, 2025, sorprendieron al aeropuerto con inundaciones dentro de la sala de espera de la terminal de llegadas nacionales. Sin embargo, esperan que no se repita tras la instalación de herramientas que eviten filtraciones de agua