Los trabajos de reubicación de vías del ferrocarril en Nogales, corresponden a una promesa de campaña que hiciera el actual gobernador de Sonora Alfonso Durazo, debido a los accidentes con el tren, muchos de estos con fatales consecuencias, la propuesta se aterrizó y La obra inició el 13 de junio de 2023 con una inversión millonaria.
Adolfo Salazar Razo, Secretario de Gobierno del Estado de Sonora en abril del 2024, mencionaba que la obra tendría una inversión de 10 mil millones de pesos, Luego de unos meses, los inconvenientes empezaron a surgir al utilizar explosivos para la creación de un túnel ferroviario, debajo de las viviendas ubicadas en las colonias, Buenos Aires, Embarcadero y Héroes y Benito Juárez

En la parte trasera de la zona, en el periférico oriente, la obra también está provocando problemas, debido a que se trazó un nuevo acceso vehicular afectando terrenos de personas que aun continúan pagando a una empresa que esta revendió estos espacios al gobierno del estado

César Octavio Silva, abogado indica que actualmente se tienen amparos interpuestos no solo en Nogales, si no en otros municipios y poblados por donde pasarán las vías del tres hasta la frontera
En julio del 2025, El gobernador del Estado Alfonso Durazo, confirmó que los trabajos no habían continuado como al inicio, por falta de recursos
Antes de que finalizara el 2025, en el mes de diciembre compañías constructoras del proyecto, bloquearon dos carriles de circulación de la carretera federal México 15 para exigir el pago de más de 4,000 millones de pesos en adeudos por las labores durante un año, En la actualidad, la obra luce casi abandonada pues con poco movimiento, ha sido denominada entre los habitantes de Nogales "El tren fantasma", por su parte el alcalde, Juan Gim, el de septiembre manifestó que se retomarán los trabajos pero no dio una fecha exacta de su reanudación...
La obra está a cargo de la secretaría de la defensa nacional, contemplaba dos etapas de trabajos en 78.5 kilómetros de vías nuevas, 25 puentes, un patio para maniobras además de un túnel de 2.3 kilómetros de largo, hasta el momento el residente de obra indicó que la cantidad final de recursos empleados sería de 17 mil millones de pesos una vez terminada, lo que representa un incremento de 143% sobre lo que se indico al inicio de la obra.
