Un equipo de arqueólogos y geofísicos del INAH, la UNAM y la organización ARX Project identificó posibles estructuras funerarias bajo el Templo de la Natividad, considerado un centro sagrado zapoteca.
El estudio se realizó en dos fases: primero, mediante geófonos alrededor del perímetro del templo Belguie-Xiguie; y después, con Radar de Penetración Terrestre (GPR) en la plaza municipal, el atrio y la nave de la iglesia, complementado con Tomografía de Resistividad Eléctrica en el sitio y sus alrededores. Estas técnicas buscan mapear la disposición subterránea del templo, un área clave para la comprensión de la civilización zapoteca.
En 1995, durante obras de ampliación de la calle trasera del templo, se descubrió un edificio con elementos arquitectónicos similares a los de Mitla, como taludes y tableros modulados con grecas. Posteriormente, en 2019, la comunidad y el INAH restauraron el monumento del periodo Posclásico Tardío (1440-1521 d.C.) bajo la coordinación de Leobardo Pacheco Arias.
Los muros externos, la fachada y el curato del templo muestran piedras con figuras prehispánicas, evidenciando que fue construido sobre una plataforma del antiguo señorío zapoteca. Las lecturas preliminares realizadas por los investigadores Martín Cárdenas Soto y David Escobedo Zenil detectaron anomalías geofísicas que podrían corresponder a cámaras o estructuras enterradas en la iglesia y sus alrededores.