La Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas ha reforzado su programa de monitoreo biológico en el Parque Nacional Huatulco, este monitoreo busca evaluar la salud de ecosistemas como selva baja caducifolia, manglares y arrecifes de coral, así como el estado de conservación de especies clave, muchas de ellas endémicas o en riesgo.
En lo que va del programa se han logrado registrar poblaciones estables de estas especies con seguimientos periódicos, aunque algunas (especialmente en áreas costeras y manglares) muestran señales de presión ambiental por actividades turísticas y pesqueras. El monitoreo comunitario involucra a guardaparques locales y voluntarios, con reportes participativos que han permitido identificar focos críticos y zonas prioritarias para la conservación.
Sobre el financiamiento, el presupuesto autorizado a la CONANP para todas las Áreas Naturales Protegidas en 2025 fue de aproximadamente 1,001 millones de pesos para sus 232 áreas naturales protegidas, lo que equivale a apenas unos 10 pesos por hectárea protegida, el más bajo desde 2006, lo que limita recursos para atención específica del programa de Huatulco. Aunque no hay un desglose público específico para Huatulco, una proporción importante se canaliza mediante el Programa de Conservación y Desarrollo Sustentable (PROCODES), que destina hasta un 16 % del presupuesto a estudios técnicos y capacitación, y hasta un 80 % a proyectos de campo.
Este esfuerzo responde a la necesidad de generar información confiable sobre el estado de conservación de cerca de 2,380 especies registradas en el parque, de las cuales alrededor de 146 están bajo alguna categoría de riesgo según la NOM-059; el porcentaje coincide con el estimado de que cerca del 10 % de las especies son endémicas o están amenazadas.
Hasta ahora, los resultados muestran una conservación aceptable en zonas de selva baja caducifolia y manglares, mientras que los arrecifes coralinos presentan deterioro parcial asociado al turismo, la pesca artesanal y la sobreexplotación del caracol púrpura, cuyas poblaciones son monitoreadas también por su valor económico y cultural. Este enfoque integral, aunque con recursos limitados, permite generar alertas tempranas y priorizar zonas clave para acción inmediata.