Oaxaca cuenta con ocho Áreas Naturales Protegidas federales que abarcan 340 mil 573 hectáreas y seis estatales, lo que da un total de 14 espacios públicos de biodiversidad. A ese esquema se suman 161 Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación (ADVC); es decir reservas privadas y ejidales certificadas que cubren más de 1 millón 356 mil 836 hectáreas, destinadas a preservar ecosistemas clave fuera del ámbito gubernamental. Estos son coordinados a nivel federal por la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) y, en el ámbito estatal, por la Secretaría de Medio Ambiente, Energías y Desarrollo Sustentable de Oaxaca.
Entre las amenazas se encuentran el cambio de uso de suelo para actividades agrícolas, la deforestación ilegal y los incendios forestales que alteran paisajes frágiles; a ello se suman la sobreexplotación de fuentes de agua y la caza furtiva, factores que desbalancean los ecosistemas lo que afecta la supervivencia de especies endémicas.
El desarrollo de infraestructura también es un factor que pone en riesgo. Un ejemplo es la reserva ecológica decretada en 1992 al norte de la ciudad de Oaxaca conocida comúnmente como "Cerro del Crestón", que hasta 2023, más del 80% de esta área ha sido ocupada por al menos 48 colonias populares, resultado de la venta irregular de terrenos y de construcción. Así como La Cordillera Norte de los Valles Centrales, con más de 60 mil hectáreas y al menos 10 municipios con población indígena, también ha sufrido daños graves.
Las 232 áreas naturales protegidas decretadas hasta ahora en México tendrán en 2025 el presupuesto más bajo en los últimos tres sexenios, con 1,001 millones de pesos, es decir poco más de 10 pesos por hectárea, resulta insuficiente para enfrentar incendios, monitorear fauna y garantizar el cumplimiento de protocolos de conservación.
Esto tras la aprobación del Presupuesto de Egresos de la Federación (PEF 2025), pese a que la administración de la presidenta Claudia Sheinbaum Pardo ha reiterado que priorizará el cuidado del medio ambiente.