En las últimas cuatro décadas, el Parque Nacional Cañón del Sumidero ha perdido casi 3 mil hectáreas de áreas naturales, afectando principalmente a la flora y fauna de la región.
El informe de monitoreo de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio) y la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (Conanp), señala que, desde la década de los ochenta el parque ha sido gravemente afectado por invasiones humanas, principalmente por personas provenientes de los municipios de Tuxtla Gutiérrez, San Fernando, Soyaló, Chiapa de Corzo y Usumacinta, quienes han usurpado terrenos protegidos.
La ocupación ilegal de tierras pertenecientes al Parque Nacional ha provocado un deterioro equivalente a 2 mil 900 hectáreas. De estas casi 3 mil hectáreas invadidas, se han establecido 91 colonias, 33 de ellas en el municipio de Chiapa de Corzo y el resto en Tuxtla Gutiérrez. En conjunto, estas colonias ocupan más de 2 mil 500 hectáreas distribuidas en más de seis mil lotes.
Además, se estima que existen aproximadamente 400 hectáreas invadidas en los límites de San Fernando, Soyaló y Usumacinta.