Luego de que la la Comisión de Vigilancia de la Auditoría Superior de la Federación (ASF) de la cámara de diputados aprobara la comparecencia de Renato Sales, fiscal general del estado de Campeche, quien pide el desafuero de Alejandro Moreno, líder del PRI, por presunto enriquecimiento ilícito, trascendió las presuntas investigaciones por la gestión de Manuel Velasco como gobernador de Chiapas.
Cabe mencionar que, en 2019, se habrían iniciado investigaciones en contra del actual senador de la República por el Partido Verde Ecologista (PVEM) por el presunto desvío de más de 600 millones de pesos, mismos que fueron condonados por la Auditoría Superior de la Federación (ASF).
Las operaciones irregulares del Gobierno de Velasco fueron detectadas por el Servicio de Administración Tributaria (SAT) en auditorías realizadas entre 2019 y 2020 a empresas simuladoras de operaciones, también conocidas como "factureras", esto de acuerdo a documentos obtenidos por Mexicanos contra la Corrupción y la Impunidad (MCCI).
En 2019 el Senado de la República llamaba a rendir cuentas a Velasco Coello, por las irregularidades en el gasto de 685 millones de pesos.
Dicho recurso tendría que haber sido utilizado a la Secretaría para el Desarrollo y Empoderamiento de las Mujeres (Sedem) a cargo de la actual lideresa de la bancada del PES, Sasil de León Villard, quien fue la titular de la Sedem en el gobierno de Manuel Velasco hasta septiembre de 2015.
Posteriormente fue sustitutida por su cuñada, Nancy López, y posteriormente por su hermana, Itzel de León Villard.
Durante su administración firmaron contratos por 685 millones de pesos que presuntamente fueron desviados a una red de 26 empresas fantasma.
Y aunque el nombre de Manuel Velasco Coello ha quedado manchado por los actos de corrupción, el actual senador por el Partido Verde, ha sido respaldo por el proyecto político del presidente Andrés Manuel López Obrador y han creado una alianza entre su partido y Morena.