La Región Ciénega era considerada como el huerto de México, pues con la desecación de la laguna de Chapala, el suelo era muy fértil y se obtenían cosechas muy abundantes, la mejor semilla de maíz que se obtenía en el país provenía de la Ciénega, sin embargo, con la siembra de agave se pone en riesgo la fertilidad del suelo pues se aplican grandes cantidades de herbicidas para dejar completamente despejado el suelo alrededor del agave erosionando el área.
El experto en microbiología Carlos Muñoz Ruiz, comentó "Muchas personas que sembraron no hicieron un compromiso con los destiladores entonces esto está haciendo que baje el precio de las piñas del agave esto es grave inmediatamente"
Esta siembra excesiva de agave también acelera el calentamiento de la superficie pues las plantas transpiran y absorben con facilidad el agua humedeciendo el ambiente, sin embargo, esto no sucede con el agave, afectando también a los animales silvestres
Carlos Muñoz Ruiz, aseguró "El día que caigan lluvias muy fuertes el suelo que está entre las líneas de los agaves se va ir ahorita tal vez podríamos recuperar si pudiéramos dejar una cobertura vegetal entre las líneas de los agaves, podríamos detener el suelo"
En México la capa fértil del suelo es de 2 a 3 centímetros, por eso es tan fácil que el agua e incluso el viento se la pueda llevar si no hay plantas que la sostengan. A pesar de que hay opciones para recuperar esta capa fértil no hay interés en aplicarlo en los sembradíos de agave que hay en la región